Id-Direttorat għall-Ħarsien tal-Pjanti, kif jindika l-istess isem, iħares is-saħħa u l-kwalità tal-produzzjoni tal-pjanti, żrieragħ u materjal ieħor tal-propagazzjoni tal-pjanti. Dan isir billi jipprevjeni l-introduzzjoni u d-distribuzzjoni ta' pesti, mard u ħsara fuq il-pjanti; u li jiżgura l-konservazzjoni u l-użu sostenibbli ta' riżorsi ġenetiċi lokali għall-ikel u l-agrikoltura.

Għaldaqstant, l-importanza tar-rwol ta' dan id-direttorat ikompli jikber meta tqis li ħidmietu tgħin tissalvagwardja s-saħħa pubblika tan-nies.

Biex ikun jista' jwettaq dan, id-Direttorat huwa maqsum f'diversi unitajiet. Il-kontroll tal-importazzjonijitet u tas-suq intern hija f'idejn l-Unità tal-Monitoraġġ u Kontroll.  Din l-unità tagħmel ukoll spezzjonijiet varji fis-serer, għelieqi, nursuries, ġonna pubbliċi u jieħdu wkoll kampjuni għall-analiżi biex jiġu sorveljati l-pjanti mill-mard.

L-Unità tal-Politika u l-Ippjanar u  l-Unità tal-Affarijiet Internazzjonali huma inkarigati mill-monitoraġġ ta' żviluppi leġiżlattivi u ta' politika fil-livell nazzjonali, tal-Unjoni Ewropea u dik internazzjonli u jaħdmu id f'id ma' organizzazzjonijiet, fosthom EFSA, EPPO u IPPC. L-Unità tal-Amministrazzjoni hija inkarigata mill-ġestjoni kummerċjali u l-funzjonijiet ta' amministrazzjoni tad-Direttorat inkluż il-Customer Care u Quality Award.

Fid-Direttorat insibu wkoll il-Laboratorju Djanjostiku. Dan  jipprovdi servizz ta' analiżi djanjostiku għall-mard li jaffettwa pjanti u materjal veġetali ieħor.  Dan is-servizz ikopri ħames oqsma prinċipali, li jinkludu:

• analiżi għal batterji
• viruses
• mofof
• nematodi, u
• insetti.

Il-Laboratorju Djanjostiku jagħmel mhux biss monitoraġġ u investigazzjonijiet rigward mard tal-pjanti imma jservi wkoll bħala ċentru ta' referenza għal Malta f'dawn l-oqsma ta' mard. Il-laboratorju jara li l-operat tiegħu hu skont il-liġijiet tal-Unjoni Ewropea. Is-servizz li jingħata minn dan il-laboratorju huwa importanti għan-Nazzjon Malti sabiex:  (i) jassigura s-saħħa u l-kwalità ta' pjanti u prodotti agrikoli, kemm ta' oriġini lokali, kif ukoll ta' dawk impurtati u esportati; (ii) jassigura kwalità u sigurtà fil-prodott Malti u (iii) jingħataw pariri lill-produtturi u lill-pubbliku.

Fi ħdan id-Direttorat, insibu wkoll is-sezzjoni tal-Konservezzjoni għar-Riżorsi Ġenetiċi. L-għan ta' din is-sezzjoni hi l-konservazzjoni tal-pjanti salvaġġi u dawk agrikoli permezz ta' diversi inizjattivi li jsiru matul is-sena u li għandhom l-għan li mhux biss jiġu konservati imma anke multiplikati fi programmi bi sħab ma' entitajiet oħra bħall-ERA, il-Ġonna tal-Argotti, PARKS u Ambjent Malta.

Is-Sezzjoni hi magħmula minn diversi faċilitajiet:

• Il-laboratorju tal-mikro-probagazzjoni: f'dan il-laboratorju jsir tkattir ta' pjanti żgħar ħielsa minn mard u mkabbra fuq taħlita apposta maħduma fil-laboratorju stess. Il-pjanti jitkabbru ġo reċipjenti sterilizzati u jinżammu ġo kmamar speċjalizzati għat-tkabbir tal-pjanti sakemm jikbru biżżejjed sabiex ikunu trasferiti għal serra fl-istess kumpless;
  

• Fis-serra, il-pjanti li jkunu ħarġu mil-laboratorju jkomplu jitkabbru fuq materjal magħmul minn kompost u perlajt. Wara perjodu ta' xhur, il-pjanti jkunu lesti biex jgħaddu għall-aħħar fażi;

• Fix-shadehouse, il-pjanti jkomplu jikbru u jissaħħu sakemm ikunu lesti għat-tħawwil;

• Ġewwa l-iscreenhouses, is-sezzjoni qiegħda tibni kollezzjoni ta' diversi varjetajiet minn ċitru antik ta' Malta. Madanakollu, l-għan hu li siġar tal-frott ieħor jinġabar u jinżamm għall-ġenerazzjonijiet futuri;

• Ġnien il-Pjanti Maltin hu ġnien botaniku u edukattiv li għandu l-għan li juri d-diversi abitati naturali li jeżistu ġewwa pajjiżna. Il-Ġnien huwa mogħni wkoll b'siġar u arbuxelli pjuttost rari biex b'hekk jagħmlu ġnien pjuttost uniku għal pajjiżna. Fih insibu pjanti wkoll li sfortunatament ġew estinti minn Malta. Jilgħab ukoll parti fl-isforzi ta' konservazzjoni tal-pjanti Maltin.
  

Fl-aħħar, iżda mhux l-inqas, qed tinbena wkoll l-ewwel Banka tal-Ġenetika f'Malta li għandha l-għan li ssaħħaħ l-isforzi ta' konservazzjoni fil-pajjiż u tad-Direttorat, billi se jinħażnu partijiet ta' pjanti għal tul ta' żmien twil. Dan għandu jservi bħala repożitorju tal-ġenetika tal-pjanti Maltin kif ukoll post fejn tista' tinbet riċerka minn xjentisti Maltin.​