Is-Sur Jonathan Vassallo beda l-karriera tiegħu fis-Servizz Pubbliku fl-2006 bħala Programme Manager fi ħdan id-Diviżjoni għall-Ippjanar u Koordinazzjoni tal-Prijoritajiet (PPCD). F'dan ir-rwol, huwa kien responsabbli għas-sorveljanza tal-kontroll finanzjarju għad-Dokument Uniku ta' Programmazzjoni (SPD) 2004-2006 u proġetti ffinanzjati mill-Fond ta' Koeżjoni għall-istess perjodu.

Sussegwentement inħatar Senior Manager fi ħdan il-PPCD u wara avvanza għar-rwol ta' Direttur Ġenerali fl-2011. Bħala Direttur Ġenerali, is-Sur Vassallo ngħata l-kompitu li jiżgura l-assorbiment u l-ġestjoni effiċjenti tal-assistenza Ewropea, inklużi l-fondi tal-UE u dawk bilaterali, permezz ta' koordinazzjoni effettiva fost id-dipartimenti, l-awtoritajiet, l-aġenziji u partijiet interessati oħra tal-Gvern.

Matul il-mandat tiegħu, huwa mexxa b'suċċess l-għeluq u t-tlestija tal-SPD 2004-2006, issorvelja l-għeluq tal-Programmi Operattivi tal-Politika ta' Koeżjoni 2007-2013, u mexxa t-tnedija tal-Programmi Operattivi 2014-2020. Huwa kellu wkoll rwol ċentrali fit-twaqqif tal-ewwel Pjan ta' Rkupru u Reżiljenza (RRP) ta' Malta.

F'Settembru 2022, is-Sur Vassallo nħatar Segretarju Permanenti, u assuma r-responsabbiltà għall-Fondi Ewropej f'Malta. Sal-2024, il-portafoll tiegħu kiber biex jinkludi d-Djalogu Soċjali, ir-Relazzjonijiet Industrijali u tal-Impjiegi, l-Ugwaljanza, u r-riformi. F'din il-kapaċità, huwa mexxa wkoll id-delegazzjoni ta' Malta fil-Kumitat għad-Drittijiet tal-Bniedem waqt ir-reviżjoni tal-Kumitat tal-prattiki tad-drittijiet tal-bniedem tal-pajjiż.

Is-Sur Vassallo jservi f'diversi bordijiet superviżorji li jissorveljaw l-implimentazzjoni ta' strumenti finanzjarji appoġġati minn finanzjament Ewropew.

Huwa għandu lawrja fil-Public and Private Sector Management, bi speċjalizzazzjoni fil-Public Policy, mill-Università ta' Malta.